ישיבת עכו
בעיר עכו חלה בשנים האחרונות ירידה במספר התושבים היהודים. במענה לכך נתבקשה ישיבת מעלות לייסד ישיבה בעיר על מנת לעורר מחדש את החיים היהודיים בעיר.
הישיבה פתחה את שעריה בשנת ה'תשס"ג והרב יוסף שטרן, בוגר ישיבת מעלות, ששימש עד אז ר"מ בישיבת אלון מורה, מונה לראש הישיבה.
ישיבת חולון
ישיבת ההסדר חולון, בראשות הרב אלעזר אהרנסון, הוקמה לפני כשנה וחצי מתוך מגמה להקים עולה של תורה במקום שבו אנשים רבים הצמאים לה. חולון היא אחת הערים הגדולות ביותר בארץ ובה למעלה ממאתיים אלף תושבים. עם זאת, הצימאון הרוחני הוא גדול - גם בקרב הציבור הדתי והמסורתי וגם בקרב אנשים רבים שאינם שומרי תורה ומצוות.
נתיב טפחות
נתיב טפחות הינו מסלול יחודי שנוסד בשנת ה'תשס"ב על ידי בוגרי הישיבה (הרב אביגדור ויצמן והרב אייל גריינר) מתוך מגמה להיות מסלול התואם את צרכיו היחודיים של קהל יעד שעד כה לא נקלט במסגרות התורניות הקיימות ולא המשיך אחר סיום לימודי התיכון למסלולים תורניים - ערכיים.
קהל יעד זה הינו בוגרי כיתות י"ב מהתיכונים הדתיים המקיפים. מסלול זה משלב בתוכו לימודי ישיבה, לימודי מקצוע טכנולוגי, שירות קרבי בחטיבת הנח"ל בשילוב עשיה חינוכית לאומית.
ישיבת נווה דקלים
ישיבת הסדר נווה דקלים הוקמה בימית וקבעה את מקומה בנווה דקלים עם עקירת חבל זה בתשמ"ב. בשנת תשנ"ז נענתה ישיבת מעלות לאתגר שהציב בפניה מרכז יב"ע ואמצה את ישיבת ההסדר נווה דקלים שהיתה לשלוחה הראשונה של ישיבת מעלות.
הרב דוד גבריאלי שליט"א שהיה ר"מ במעלות נשלח לעמוד בראש ישיבת ההסדר נווה דקלים ויחד אתו שני אברכים וכעשרה תלמידים.
מאלול תשנ"ח ישיבת ההסדר נווה דקלים הינה עצמאית לכל דבר ועניין, הקשר הרוחני עם ישיבת מעלות נשמר וחשוב הוא לשתי הישיבות גם יחד.
עם עקירת ישובי גוש קטיף וגירוש היהודים עברה הישיבה באופן זמני לכפר מימון, וכיום היא שוכנת בעיר אשדוד.